Microsoft IISの証明書ウィザードで更新処理を行うと、CSRの内容が正しく設定されません。
(例:以下の様に組織・部署フィールド等が正しく設定されません)

Microsoft IIS - 別仮想サーバを利用した証明書の置換え
※置換え作業につきましては、障害等が発生した場合を想定し、ご自身の責任において実行してください。既存証明書のバックアップ等は、最低限の対策として必ず行って下さい。
1.IISの管理パネルを開いてください。
⇒[コントロールパネル]-[管理ツール]-[インターネットサービスマネージャ]で開くことができます。
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2.セットアップしたいWebサイトを選択し、右クリック-プロパティをクリックして下さい。
3.ウィザードが起動しますが、仮のサーバなので内容は適当に設定してください。
4.新しく作成した仮想サーバを右クリックしてプロパティを選びます。
5.ディレクトリセキュリティタブを選び、サーバ証明書ボタンを押します。
6.以降は新規にCSRを作成する手順と同じく進めてください。
※更新時のCommonName(一般名)は現在使用中の証明書を完全に同じものにして下さい。
7.CSRが完成したら証明書の申請を行い、証明書を受取ってください
8.先程作成した仮想サーバに証明書をインストールします。
9.今度は正規サイトのプロパティを開き、サーバ証明書ボタンからウィザードを起動します。
10.現在の証明書を置き換えるを選択し次の画面へ移動します。
11.証明書の一覧の中に先程インストールした証明書が表示されます。
インストールした証明書を選択して次画面へ移動してください。

12.証明書の内容を確認してウィザードを完了して下さい。
13.以上で置換え作業は完了です。